Ford, utilizando el 5.0 del Mustang GT, ha hecho muchas modificaciones antes de que pudieran estar en los Cobras. Entre los cambios mayores fueron cabezas de mayor rendimiento GT-40, válvulas mas grandes y un mejor árbol de levas. El muy modificados 5.0L V-8 fue evaluado en 235 caballos de fuerza y 280ft/lbs. par.

El mismo Borg-Warner T-5 de transmisión que se encuentra en el GT se utilizó para el Cobra, excepto que se incluye los rodamientos más fuertes. Neumáticos  Goodyear Eagle P245/45ZR17 fueron montados en rines de aluminio de  17x7.5 pulgadas. También en la parte trasera se Cobra se usaron frenos de disco ventilados en lugar de los frenos de tambor.
El Cobra tuvo la misma rejilla inferior como el GT, pero menos las tomas laterales. La fascia frontal figura la apertura de una parrilla que lleva un emblema de caballos corriendo. La fascia de una pieza en la parte trasera tenía cortes antes de las colillas, así como un spoiler trasero. Las únicas diferencias en el interior del Cobra a del GT fue un panel de instrumentos blanco, así como "Cobra" bordadas en las alfombras del piso.

El Cobra "R" de no podía tener elevadores en las ventanas, ni las cerraduras de las puertas, un sistema estéreo, o el aire acondicionado. Tampoco había luces antiniebla y las ruedas del modelo "R" fueron pintados en negro. La suspensión también fue firme.