El año del'99 trajo nuevos cambios en el diseño del estilo del Mustang. Junto con estos cambios en el Cobra, los faros en la parte inferior de la fascia delantera. El modelo utilizado Cobra cofre regular, mientras que el GT utiliza una toma de aire deportivo no funcionales.

También la separación del Cobra y el GT fue el caballo que se encuentra en el emblema, que el cobra no se encuentra rodeado por la banda cromada No se ha encontrado en los Cobras es el emblema 35 º aniversario Tristar, que se puede encontrar en los GT´s.

Tela en el interior no estuvo disponible en los'99 Cobra, sin embargo, el cuero está disponible en ambos colores, oscuro carbón vegetal y Medio pergamino.

El 4.6L DOHC V-8 permaneció en el Cobra, pero esta vez es el poder aumentó en unos 15 caballos de fuerza, así como 17 ft/lbs. más que el motor 1998. Crédito a estos aumentos de poder se dieron a la nueva geometría de sistema de inducción, así como la nueva cámara de combustión. Nuevas y más fuertes vara de rodamiento principal y también aumentó la estabilidad del monstruo de motor. Sin embargo, aunque Ford alegó que la versión'99 establecido otros 15 caballos, varias revistas informaron de que el Cobra parecía más lento que los anteriores modelos, lo que lleva a muchas pruebas de ensayo por los nuevos propietarios de Cobra. De hecho, la potencia del motor se encontró a ser menor de lo esperado. El 6 de agosto en el'99, Ford suspendió la venta de cualquier Cobra, ya que reemplazo el múltiple de admisión, el sistema de escape y toques finales a la programación del carro.

La tapa del diferencial  en el caso del Cobra era de aluminio, que se produjo un cambio de la versión'98. Otro cambio importante al Cobra'99 fue la introducción de la suspensión trasera independiente con barras de tracción.

La relación de dirección se cambió a 15.0:1, y el círculo se redujo a 37.9 pies.