Franjas azules a los lados embozo el GT350 de 1965 que fueron instalados principalmente por el  distribuidor, pero podría haber sido instalados por la fábrica.

Sólo algunos de los GT350 del GT350 llevó un emblema en el lado izquierdo de las calaveras, pero todos tenían la tapa original del mustang y se trasladó el emblema a la izquierda de la parrilla. Sin embargo, todos los demás emblemas del  Mustang fueron retirados de los GT350. El cofre  del Shelby se hizo de fibra de vidrio, algunos que se producen con marcos de acero y fibra de vidrio, piel, y presentó una toma de aire funcional.

Los asientos traseros no estaban disponibles en los'65 Shelby. En lugar de ello, fueron sustituidas por una plataforma de fibra de vidrio que alberga también el neumático de repuesto. Las primeras ediciones de los'65 Shelby se produjeron con volantes de un diámetro de 16 pulgadas y con ranuras, y posteriormente, llegó con volantes de 15 pulgadas, ya sea con ranuras,  radios o tres agujeros en cada uno de los radios.

Ford utilizo motores de alto rendimiento por lo general entregaba 271 caballos, pero con modificaciones de Shelby el motor fue incrementado a 306 CV. Estas modificaciones incluyen un múltiple de  aluminio de gran altura colector de admisión con un 715 cfm Holley de cuatro gargantas de acero y headers  Tri-Y conducen a las cabeceras a un doble sistema de escape con silenciadores Glasspack con salida delante de las ruedas traseras. Sin embargo, hay una excepción para los vehículos construidos después de 6 de julio de 1965 para la entrega a California, Florida o New Jersey que tiene un sistema de escape trasero. Lo último que llenaba el paquete de un shelby eran las tapas de válvulas de un cobra y el carter de aceite de aluminio de alto rendimiento.

La transmisión que lleva en el'65 Shelby fue un Borg Warner T-10 de aluminio. 3,89 de relación en el eje se puede encontrar en los 9 pulgadas de eje trasero (aunque se dispone de otros) y todos los que figuran un diferencial Detroit Locker. Barras de tracción proporcionó mucho control en el  eje trasero, junto con el bucle de  eje de impulsión de seguridad.

Equipamiento estándar incluye también frenos manuales y dirección manual de vueltas cortas. Rines pintados de plata con cromo en las tuercas son las estándar y con el uso de neumático punto azul Goodyear 7. Facultativo Como opción fueron los rines Cragar.

La  versión de carrera ("R"), además de todas las características de la versión de calle, recibió un enfriador de aceite de motor, un radiador de mayor capacidad, enfriador de frenos delanteros y traseros freno, un  tanque de 34 galones,  tapa de 3 ½ pulgadas para el rápido llenado de gas, bomba de combustible eléctrica, escapes de gran diámetro con sin  silenciadores, cinco rines de magnesio 15x7, revisadas las aberturas de las ruedas, Grupo de Seguridad Interior (arnés, roll bar, extintores de incendios, resistentes al fuego interior, la ventana trasera de plástico, aluminio enmarcado de deslizamiento de plástico ventanas laterales), completa instrumentación (tacómetro, velocímetro, presión del aceite y la temperatura, la temperatura del agua y la presión del combustible, los ajustes finales se daban en la pista. Más modificaciones se hicieron al motor, doblando la potencia a 370hp.
1965 Shelby's con números de serie 004-034 no tienen una "S" en la designación VIN. Todos los demás son o bien "S" o "R."