El último año para el Shelby Mustang fue de 1969. Ahora, sobre la base del nuevo SportsRoof Mustang convertible y estilos de la carrocería, el nuevo Shelby Mustang diseñado compartió muy poco parecido a la producción de Mustang. El GT350 y GT500 todavía disponibles en fastback o convertibles.

La parte frontal de diseño final del 69 Shelby fue totalmente nuevo. Tanto las defensas y el cofre de fibra de vidrio y se creó una gran rejilla de apertura rectangular que lleva dos faros de 7 pulgadas. Bajo el parachoques, Faros antiniebla Lucas se han montado. El cofre que figura tres aciertos NASA orientados hacia adelante, el del centro es un  suministro de aire para el motor en el sistema de admisión. También en el capó como en la defensa se pueden encontrar en la parte delantera, al igual que la parte trasera, paneles invertidos lo cual brinda aire para los frenos. En la parte trasera, extensiones de fibra de vidrio se han añadido a la tapa de la cubierta de fibra de vidrio para crear un spoiler pronunciado. Se utilizaron luces traseras del Thunderbird'65, y un único colector de escape de aluminio salió en el centro debajo del parachoques.

Franjas laterales se pueden encontrar en ambos modelos, ya sea en el GT350 o GT500 letras en la parte delantera en el guardabarros delantero de la bola de freno. Emblemas de la serpiente se puede encontrar detrás de las ventanillas laterales traseras y también en el lado izquierdo de la rejilla frontal. Además, emblemas  Cobra Jet, como los que se encuentran en el 68 GT500KR, se han utilizado en el GT500 en la parte frontal de las defensas.

El interior del Shelby fue una vez más la producción del Mustang Deluxe, ya sea en negro o blanco, con identificación de Shelby sobre paneles de las puertas, volante y tablero del pasajero. La consola superior alberga dos  medidores Stewart Warner, el aceite y los amplificadores, junto con dos interruptores para alternar faros antiniebla y luces de cortesía. El instrumento contenía un tacómetro de 8000 rpm, velocímetro de 140 mph y los medidores de combustible. Una muy pequeña porción de Shelbys vino de color rojo en el interior.

El Shelby GT350 viene con el 290hp 4-V versión de la producción de 351 Windsor. La única diferencia es un colector de admisión de aluminio, así como la  tapa de válvulas Cobra. El Shelby GT500 utilizando el 428CJ-R con todas las variantes se encuentran en el Mustang regular.

Al igual que con el Mach 1, la  suspensión de competencia, transmisión y eje trasero son todas las opciones sobre el Shelby. La única opción de rin de 15x7 pulgadas de aluminio tenia una sección del centro soldada a un rin de acero cromado. Neumáticos estándar se utilizan E70x15, aunque la mayoría de los automóviles viene con el F60x15 Goodyear Polyglas SMT.

Algunas otras características estándar son la dirección asistida, frenos de disco y transmisión manual de 4 velocidades.

Alrededor de 789 Shelbys no fueron vendidos en 1969. Estos coches fueron "actualizados" y vendidos como modelos de 1970 por cambiar el VIN de 1970, que muestra el modelo del año. Cambios en el'70 también incluye doble campana, rayas negro y un spoiler Boss 302.